Как профессор Савельев имитирует научную деятельность: разбор статей. Часть 2

На рис. 5 непонятно, что конкретно Савельев измеряет по оси ординат в графике о содержании ионов в цитоплазме. Важный вопрос, возникающий при рассмотрении этого графика: не является ли изменение ионов хлора в цитоплазме.

Рис. 5. Савельев 9 демонстрирует эксперимент по измерению внутриклеточной концентрации ионов в эмбрионе после растяжения. Непонятно, измерялись ли концентрации ионов в эмбрионе, изображенном на верхней панели, после СЭМ (который очевидно проводился под вакуумом). Если так, то данные не имеют физиологического значения. Не проведен анализ дисперсии (ANOVA), что является характерным для статей Савельева пренебрежением статистическим анализом данных. Не указана величина на оси ординат.

Надо сказать, что Белоусов продолжает публиковаться в журналах, правда с низким Impact Factor 15 . Псевдонаучность его статей даже не в том, что гипотеза о роли механических межклеточных взаимодействий в морфогенезе и дифференцировке клеток не поддерживается экспериментальными данными, а в отсутствии адекватной методологии у Белоусова и его соавторов, а также их неспособности поставить эксперименты для ее тестирования. Интересно, что как Белоусов, так и Савельев полностью игнорируют изменения градиентов и экспрессии известных морфогенов, таких, которые могут происходить под действием процедур рассечения или растяжения эмбриона.

Работы группы De Robertis и других 16–19 демонстрируют наличие механизма обратной связи в экспрессии белков BMP , Sizzled , Tolloid таким образом, что после рассечения эмбриона Xenopus их градиенты восстанавливаются (в качестве обзора: De Robertis , 2009 20 ). Савельев не комментирует роль белков BMP 2, BMP 4, Noggin , Chordin , Xolloid , SHH и других в индукции нейруляции и регуляции дорз o -вентральной оси, что было уже известно на момент написания его статьи 21,22 . (В качестве обзора на эту тему см. Bond et al . 2012 23 .)

Таким образом, прослеживается закономерность, что, за исключением своих собственных публикаций, которые, как мы видим, крайне низкого качества, Савельев не цитирует работы по молекулярной эмбриологии, опубликованные с конца 1990-х до момента выхода статьи в 2012 году. Это свидетельствует о том, что автор либо не читает текущей литературы, либо сознательно игнорирует все работы, чьи выводы не согласуются с его воззрениями. В обоих случаях это свидетельство крайнего непрофессионализма и дилетантства Савельева.

В силу вышеуказанных причин заявления Савельева об «открытии» им «механизмов кодирования позиционной информации в эмбриональном формообразовании мозга» являются ложью.

Вернемся к статье Савельева 2012 года 1 . Автор вдается в пространное описание якобы описанных им эмбриональных аномалий головного мозга без каких-либо иллюстративных и гистологических данных о специфике этих аномалий . Происхождение врожденных аномалий головного мозга Савельев «объясняет» механическими напряжениями следующим образом: «Для выяснения роли механических напряжений в мозге ранних эмбрионов человека были исследованы патологические случаи развития. При локализации зародыша человека в маточной трубе на голову зародыша давление со стороны стенок маточной трубы действует неравномерно. По лобно-височно-затылочной линии мозг зародыша испытывает тангенциальное сжатие, в результате которого стенка мозга в теменной области утрачивает свою механическую напряженность. Пласты теменной области свободны от натяжений, существующих в нормальном развитии, и могут демонстрировать реакции, характерные для ненапряженных пластов [15, 39]. С одной стороны, при усилении механического давления на стенки мозга происходит увеличение поляризации клеток радиальной глии, снижается интенсивность пролиферации и увеличивается площадь внутренней поверхности стенок мозга, с другой — свободные края пластов подвергаются гиперплазии, а пролиферация нейробластов быстро возрастает. Анализ патологических случаев развития эмбрионов вне матки показывает, что механическое напряжение нейроэпителиальных пластов является необходимым условием для их нормального развития.»

При этом Савельев не приводит никаких количественных данных о т.н. «механических напряжениях», испытываемых эмбрионом в матке vs . вне матки, при патологии vs . при ее отсутствии. Никаких данных об «интенсивности пролиферации», сведений о «гиперплазии» и ее молекулярных маркерах (например, Ki 67), митотическом и апоптотическом индексах он не демонстрирует, очевидно, в силу того, что никаких исследований он просто не проводил, а вышесказанное является плодом его натурфилософствования. Теория хороша лишь тогда, когда способна предсказывать воспроизводимые экспериментальные результаты. Ни тестируемых предсказаний, ни результатов Савельев не предоставляет, демонстрируя полное отсутствие профессионализма.

Как и раньше, цитирует Савельев или сам себя, или статьи 1980-х годов. А зря.

В 1990-х годах публикуется серия исследований о молекулярно-генетической природе тех самых аномалий, которые Савельев «исследует» в данной статье. Одна из первых значительных работ была сделана группой Philip Beachy , John Hopkins University , которая обнаружила, что двойной нокаут гена Shh приводит к голопрозэнцефалии в виде циклопии у мышей 24 . На рис. 7 приведена одна из иллюстраций к этой статье, демонстрирующая циклопию у эмбрионов Shh -/- мышей. Сравните методологию и качество данных группы Beachy с тем, что публикует Савельев.

Дальнейшие исследования нескольких групп продемонстрировали роль Shh и других компонентов сигнального пути Shh ( BMP 4, BMP 5, CDON ) в голопрозэнцефалии у мышей и кур 25,26 . Как можно заметить, голопрозэнцефалию вызывают мутации в тех же генах, продукты которых необходимы для индукции нейруляции у Xenopus 20 . Наконец, подтверждение роли Shh в голопрозэнцефалии у человека было сделано после обнаружения мутаций в гене Shh в том же 1996-м году 27 .

Рис. 6. Иллюстрации эмбриональных аномалий, приведенные Савельевым 1 . Очевидно, фотографии анэнцефалии и голопрозэнцефалии (верхний ряд) призваны обозначить серьезность проблем, «изучаемых» Савельевым. Низкое качество фотографий эмбрионов во втором ряду рис.1 не позволяет подтвердить правильность диагноза, поставленного автором. По каким-то причинам Савельев не публикует фотографии гистологических срезов этих, по его мнению, «аномальных» эмбрионов. То же самое относится к эмбриону на рис. 2. Рисунок и фото общего вида эмбриона неинформативны. Требуется фото сагиттального сечения с соответствующей гистологической окраской.

Способность циклопамина ингибировать Smo и, таким образом, путь Shh нашла применение в онкологической фармакологии, поскольку путь Shh аномально активирован в ряде опухолей мозга, таких как медуллобластома 31 , а также базальной клеточной карциноме и ряде других опухолей. Были разработаны, прошли клинические испытания и были одобрены FDA синтетический аналог циклопамина – сонидегиб 32,33 и другие ингибиторы Shh пути саридегиб 34 и висмодегиб 35 .

То, что Савельев 16 лет спустя после выявления роли сигнального пути Shh в голопрозэнцефалии пишет о механических напряжениях как причине нарушения нейруляции и возникновении голопрозэнцефалии, равносильно наивной попытке возродить теорию флогистона через много лет после опытов Лавуазье.

Рис. 7. Циклопия у Shh-/- мышей 24 . Никаких механических воздействий на эмбрионы группа Beachy не производила. Мыши с выраженной голопрозэнцефалией были получены исключительно путем нокаута единственного гена Sonic hedgehog.

Другой упомянутый Савельевым дефект, spina bifida , также зависит от приема матерью фолиевой кислоты и, возможно, частично опосредован генетическими причинами 37–39 .

Савельев игнорирует вышеуказанные работы о причинах анэнцефалии и spina bifida .

Возможно, будет интересно рассмотреть неупомянутый Савельевым дефект развития мозга – микроцефалию. Классический генетический анализ семей из северного Пакистана с часто встречающейся микроцефалией идентифицировал 5 локусов, ассоциированных с синдромом 40 . Клонирование генов, содержащих мутацию у пациентов с микроцефалией ( MCPH 1, CENPJ , ASPM , CDK 5 RAP 2), выявило, что все они так или иначе участвуют в делении апикальных и базальных предшественников нейронов и глии. Мутации в генах этих белков приводили к нарушению ориентации веретена деления и расхождению хромосом в митозе. Это приводило к уменьшению количества базальных предшественников и, как результат, к уменьшению количества нейронов и глии в коре головного мозга (в качестве обзора Cox et al ., 2006 46 ) . В настоящее время обнаружено 17 локусов, ассоциированных с аутосомно-рецессивной микроцефалией 40 .

Позволю себе опустить подробный разбор чепухи Савельева в оставшейся части его статьи. Основные пункты несостоятельности его гипотезы о механической природе аномалий нейруляции мы уже разобрали и сделали краткий обзор современной исследовательской литературы по генетическим и фармакологическим причинам голопрозэнцефалии, анэнцефалии и сходных патологий. Методологическая несостоятельность Савельева очевидна на фоне гигантского количества качественно сделанных работ в области молекулярной генетики развития нервной системы.

Как мы видим, ни по одному из пунктов, заявленных в абстракте, Савельев не в состоянии предоставить мало-мальски приемлемых экспериментальных данных. Гипотеза, заявленная во введении, тестирована не была. Утверждение автора, что им были открыты «механизмы кодирования позиционной информации», не соответствует действительности. Утверждение Савельева о роли механических напряжений в этиологии врожденных аномалий развития мозга не подкреплено экспериментальными данными и не согласуется с имеющимися на момент выхода статьи исследованиями.

По ознакомлении с вышеуказанными публикациями создается впечатление, что Савельев вообще не получил должного образования, которое позволило бы ему вести самостоятельную экспериментальную работу в медико-биологических науках на современном уровне.

Отсутствие должного базового образования в сочетании с практикой под руководством таких псевдоученых как Лев Белоусов и нежелание знакомиться с современными методами и результатами исследований ведущих лабораторий привело к крайней маргинализации Савельева. Остается загадкой, как такой человек защитился и почему ему доверена лаборатория в государственном институте. Его докторская диссертация, несомненно, ждет детального анализа на соответствие заявленному уровню. Если разобранные выше статьи являются отчетом о проделанной им работе на занимаемой должности, то иначе как систематическим обманом и лженаукой деятельность Савельева на посту завлаба назвать нельзя.

Дмитрий Пучков в одном из интервью с Савельевым говорит: «Настоятельно рекомендую [книгу Савельева «Церебральный сортинг», прим. К.Л.] к прочтению. Даже если со взглядами автора в чём-то не согласны, вызывает неприятие личность, как это обычно бывает, сведения исключительно полезные, знать надо, и знать надо обязательно». Позволю себе прокомментировать цитату:

1. Неприятие вызывает не личность, а, как видно из его собственных публикаций, полная несостоятельность Савельева как ученого, которая заключается в его невежестве, незнании литературы по нейробиологии и эмбриологии за последние 30 лет, в полном отсутствии у Савельева знания научной методологии, принципов построения эксперимента и интерпретации результатов.

• Гилберт С. Биология развития. Лучше 10е издание;
• Альбертс et al . «Молекулярная биология клетки», любое издание после 2000 г.;
• Льюин «Гены», 2012 или более позднее издание;
• Ленинджер «Основы биохимии». Издание после 2000 г.;
• J. Nolte “The Human Brain. An Introduction to Its Functional Anatomy”. 6-е издание , 2009;
• Squire “Fundamental Neuroscience”, 3- е издание .

"Несмотря на наличие С.В. Савельева в списке авторов статьи Beloussov LV, Saveliev SV, Naumidi II, Novoselov VV. Mechanical Stresses in Embryonic Tissues: Patterns, Morphogenetic Role, and Involvement in Regulatory Feedback. 1994 p. 1–34, Савельев не участвовал в этой работе и не имеет отношение к экспериментам по выявлению роли механических напряжений в морфогенезе. Савельев также не внес никакого вклада в построение карт механических напряжений в эмбрионах (Beloussov, L. V., Dorfman, J. G., and Cherdantzev, V. G. (1975))"

1. Saveliev S V. Патология эмбрионального морфогенеза головного мозга человека. Вестник РАМН. 2012;8:40–46. http://vestnikramn.spr-journal.ru/jour/article/download/276/214

2. Copp AJ, Greene NDE. Neural tube defects--disorders of neurulation and related embryonic processes. Wiley Interdiscip Rev Dev Biol [Internet]. Europe PMC Funders; 2013 [cited 2017 Apr 5];2(2):213–27. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24009034 PMID: 24009034

3. Opitz JM. The Farber Lecture. Prenatal and Perinatal Death. Pediatr Pathol [Internet]. 1987 Jan 9 [cited 2017 Apr 29];7(4):363–392. Available from: http://www.tandfonline.com/doi/full/10.3109/15513818709161402

4. O’Rahilly R, Müller F. Neurulation in the normal human embryo. Ciba Found Symp [Internet]. 1994 [cited 2017 Apr 29];181:70-82–9. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8005032 PMID: 8005032

5. O’Rahilly R, Müller F. The development of the neural crest in the human. J Anat [Internet]. Wiley-Blackwell; 2007 Sep [cited 2017 Apr 29];211(3):335–51. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17848161 PMID: 17848161

6. Van Allen MI, Kalousek DK, Chernoff GF, Juriloff D, Harris M, McGillivray BC, Yong S-L, Langlois S, Macleod PM, Chitayat D, Friedman JM, Wilson RD, McFadden D, Pantzar J, Ritchie S, Hall JG. Evidence for multi-site closure of the neural tube in humans. Am J Med Genet [Internet]. 1993 Oct 1 [cited 2017 Apr 29];47(5):723–743. Available from: http://doi.wiley.com/10.1002/ajmg.1320470528

7. Berleth T, Burri M, Thoma G, Bopp D, Richstein S, Frigerio G, Noll M, Nüsslein-Volhard C. The role of localization of bicoid RNA in organizing the anterior pattern of the Drosophila embryo. EMBO J [Internet]. European Molecular Biology Organization; 1988 Jun [cited 2017 Apr 29];7(6):1749–56. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2901954 PMID: 2901954

8. Beloussov LV, Saveliev SV, Naumidi II, Novoselov VV. Mechanical Stresses in Embryonic Tissues: Patterns, Morphogenetic Role, and Involvement in Regulatory Feedback. 1994 [cited 2017 Apr 30]. p. 1–34. Available from: http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0074769608615351

9. Савельев СВ. Механизм кодирования позиционной информации в эмбриональном формообразовании мозга позвоночных. Вестник РАМН. 2001;4:49–61.